故事是發(fā)生在Milo與Kida留在亞特蘭提斯之後的事情。幾艘貨船途經(jīng)亞特蘭提斯北方的海面遭受攻擊,於是Milo 、Kida跟隨來訪的探險(xiǎn)小組一同展開調(diào)查,卻發(fā)現(xiàn)攻擊者并不是機(jī)器龍蝦,而是其他神秘的力量。渡過這次危機(jī)之後,Kida 為了找出魔幻水晶最適合的安排方式,便和 Milo 與探險(xiǎn)隊(duì)員踏上旅程,她要查出為何當(dāng)初她父親要把水晶隱藏起來,害他們的文明差點(diǎn)毀滅。他們也要做出決定,到底該把魔幻水晶拿來運(yùn)用呢?還是將其永遠(yuǎn)隱藏起來?